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協議
發展水平數據集成分類器的非侵入性乳腺癌的早期診斷:修複研究協議
  1. 弗朗西斯科·Ravera1,
  2. 加布裏埃爾Cirmena1,
  3. 瑪蒂娜Dameri2,
  4. 莫裏吉奧加洛1,
  5. Valerio蓋太諾Vellone3,
  6. 皮耶羅Fregatti2,
  7. 丹尼爾·弗裏德曼2,
  8. 馬西莫花莖甘藍2,
  9. 阿爾貝托Ballestrero1,
  10. 阿爾貝托Tagliafico4,
  11. 洛倫佐Ferrando2,
  12. Gabriele Zoppoli1
  1. 1內科,意大利degli研究di熱那亞,熱那亞、意大利
  2. 2Ospedale親自到聖馬蒂諾史di Ricovero e看台Carattere Scientifico / l 'Oncologia,熱那亞、意大利
  3. 3外科學係和綜合診斷,意大利degli研究di熱那亞,熱那亞、意大利
  4. 4健康科學部門,意大利degli研究di熱那亞,熱那亞、意大利
  1. 對應到教授Gabriele Zoppoli;gabriele.zoppoli在{}unige.it

文摘

介紹標準程序針對乳腺癌的早期診斷(BC)存在次優的準確性和暗示的執行入侵,有時不必要的組織切片。循環的評估生物標誌物用於診斷目的,加上radiomics,公元前管理的巨大潛力。

和分析方法這是一個前瞻性轉化研究調查多個循環的綜合評估的準確性分析物與公元前radiomic變量對早期診斷。750患者將招募在診斷Senology單位Ospedale親自到聖馬蒂諾(熱那亞)執行的診斷性活檢後懷疑乳腺病變的檢測(t0)。每個招募病人將被要求捐贈外圍血液和尿液之前接受乳房活檢。血液和尿液樣本也會收集從100年一群患者消極的乳房x光檢查。公元前例組織學診斷的入侵,將會進行第二次的血液和尿液樣本收集乳腺癌手術後。循環腫瘤DNA甲基化遊離DNA和循環蛋白將收集的樣本中,評估在t0公元前階段I-IIA患者在手術一起收集從組織學證實良性病變患者相似的大小和健康對照組與消極的乳房x光檢查。這些分析將結合radiomic變量提取與免費軟件算法應用於數字乳房x光檢查的病例和匹配控製。本研究的總體目標是開發一個水平數據集成分類器的早期診斷。

道德和傳播本研究協議已通過Regione利古利亞道德委員會(參考號:2019/75,研究ID: 4452)。病人將被要求提供書麵知情同意。結果將發表在國際同行評議的科學期刊。

試驗注冊號碼NCT04781062

  • 乳腺腫瘤
  • 乳房成像
  • 衛生信息學
  • 癌症遺傳學
  • 成人腫瘤
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本研究的優點和局限性

  • 研究勘察設計和平衡控製的同伴。

  • 研究評估性能的一些最有前途的和前沿領域的生物轉化腫瘤的診斷或預測目的影響乳腺癌患者(BC)。

  • 結合多個循環的性能對BC早期診斷生物標記和radiomics算法評估。

  • 這項研究第一次調查這樣的生物標誌物在早期(公元前即I-IIA階段)。

  • 這項研究並不是專為原位BCs的早期診斷,認為是良性病變和包含在對照組。

介紹

當前協議對乳腺癌的早期診斷(BC)依賴的結合使用如乳房x光檢查和超聲輻射過程。1 2確認活檢或召回測試是強製性的懷疑中發現的第一個考試,最終帶來一個更明確的描述放射檢查發現的病變。然而這種方法受到嚴重的問題包括(a)次優的敏感性和積極的預測能力分別為放射性篩查和診斷程序,(b)侵襲性活檢的不適對女性進行診斷測試,以及繪圖可疑的非代表性部分地區的風險考慮BCs的基因型和表型的異質性,3(c)長時間記憶測試,即使在高級中心。特別是,次優的敏感性篩選程序致使non-diagnosed腫瘤變得能夠推進本地和傳播係統,影響患者的預後,而積極的預測能力不佳的診斷評估意味著不必要的侵入性活檢。1

引人注目的必要性增加癌症篩查和診斷程序的準確性帶來了相關發展追求精確的生物標誌物能夠有效地檢測並描述它。然而,迄今為止,沒有協議有效和公元前公認的臨床早期診斷的有效性。

其中最有前途的生物標誌物,循環腫瘤DNA (ctDNA),甲基化遊離DNA (cfMeDNA),液和微rna (microRNA的)相關的科學報告的主題。4 - 9日此外,機器學習(所謂的“深度學習”)算法已經應用到傳統放射學診斷成像技術援助與radiomics領域激動人心的結果。10蛋白質組學領域的結果而不是很少,部分由於繁瑣的方法通常應用於這些分子的研究。11

因為這是很難想象的,一個生物標誌物能夠達到100%的準確率在公元前的早期檢測,本研究的主要目的是為這個目的的評估合並多個生物分析物radiomics的細化算法,克服上述限製的個人生物標記的準確性。結合不同的概念數據層達到一個更好的分類器相比,個人分析物被稱為橫向數據集成(HDI)分類。因此,項目的總體目標是開發一個相似的BC的人類發展指數分級機使早期非侵入性診斷準確性與乳房活檢。

和分析方法

研究設計

這是一個潛在的平移病例對照研究的主要目的評估幾個生物標誌物的臨床有效性,單獨和組合,在公元前的早期檢測在實際臨床設置(見圖1研究圖)。患者招募在診斷Senology表示單位Ospedale親自到聖馬蒂諾(意大利熱那亞)的執行乳房活檢後的放射性檢測可疑乳腺癌病變≤2厘米(即輻射T1, BIRADS-3/4/5)沒有放射腋窩或遙遠的疾病的證據。這些病人被要求,在完成一個通知書麵同意,捐四外周血管(30毫升)和一個尿樣(40毫升)。其中,隻有從患者階段收集的樣本I-IIA瘤手術(T1N0或T2N0或T1N1a)或組織學證實的良性病變會分析。第二個示例是獲得這些患者證實入侵BC在第一個腫瘤的組織學診斷乳腺癌主要手術後訪問(t1)按照正常的慣例,獨立於可能的新輔助治療。沒有限製基於腫瘤階段將為後者的分析。血液和尿液樣本從一群也在收集和分析了100名健康婦女連續兩個消極的乳房x光成像(BIRADS-1或BIRADS-0 -超聲波)。

圖1

研究圖。血液和尿液樣本將收集到的患者產生放射性損傷≤2厘米沒有證據表明淋巴結腫瘤傳播(放射T1N0)。從患者獲得的圖片和樣品階段I-IIA (T1N0或T2N0 T1N1a瘤)公元前在手術將分析診斷患者獲得的圖像和樣本一起產生良性乳腺病變,從患者消極的乳房x光檢查。血液和尿液樣本收益率將從所有病人振作侵入性腫瘤在診斷在第一個腫瘤手術後訪問,並將為乳腺癌複發的預測分析。

所有病人都與下麵的納入和排除標準篩選。入選標準包括:書麵知情同意;乳房病變檢測到數字雙邊乳房x光檢查;年齡≥18年,≤75年;資格進行診斷性活檢(tru-cut或真空輔助乳腺活檢)按正常臨床實踐研究人口,或者沒有乳房病變數字乳房x光檢查的健康對照組(BIRADS-1或BIRADS-0 -超聲波);能力和任性符合協議要求。

排除標準包括:侵入性癌症的曆史,任何類型;臨床放射涉嫌先進或轉移性癌症篩查的時候;已知的曆史活動或治療自身免疫或清單慢性或季節性和活躍的過敏疾病(除了自身免疫性甲狀腺炎);曆史上重大創傷或手術前在24周篩選;曆史上活躍的傳染性疾病,慢性或急性發生在篩選前8周;曆史上已知的急性或慢性心髒、腎髒或肝髒疾病疾病或急性心髒事件。

候選人生物標誌物

循環腫瘤DNA和細胞遊離DNA甲基化

ctDNA獲得通過液體活檢顯示嚴重的潛在不僅在癌症的早期診斷,尤其作為其複發的有效標記,縱向監測和對治療的反應。12然而,當前的方法旨在檢測ctDNA大多是基於遊離DNA的測序體細胞突變(cfDNA),這一過程受到相關限製的臨床適用性將(a)能預期的低靈敏度早期癌症鑒於ctDNA複發性突變的數量有限,8日13(b)的異質性DNA突變發生在一個單一的腫瘤與非特異性突變沿著不同的患者和癌症類型配置文件,12日13(c)當前cfDNA下一代測序成本的影響(上天)突變的評估。14另一方麵,cfMeDNA的評估可能克服上述限製。DNA甲基化是普遍參與細胞的發展,修複基因表達,和監管印等位基因,廣泛影響細胞生長和基因組的穩定性。15改變methylomes癌症通常與變更相關的轉錄結果和基因組不穩定,啟動或提高致癌作用。甲基化變化對細胞平衡的影響,不同methylomes可能與特定的生物功能,為癌症的早期診斷提供有用的信息。16最近開發出一種敏感,immunoprecipitation-based協議分析少量的methylomes cfDNA,提供一個有效的方法來檢測大規模DNA甲基化變化豐富的腫瘤特異模式。8cfMeDNA免疫沉澱反應和高通量測序(cfMeDIP-seq)顯示,高精度的檢測cancer-derived cfDNA DNA甲基化事件,管理區分多種癌症類型與健康對照組和區分不同的和特定的甲基化模式在不同的癌症。

RNA-based生物標誌物

RNA-based生物標誌物可以稱為編碼或非編碼rna。非編碼rna,包括microrna和長非編碼rna,都已經被廣泛地研究過了過去一年的有前途的標記對癌症早期診斷和監控,為他們特別感興趣的穩定性和數量在血液中。17另一方麵,coding-RNAs包括信使RNA遊離的評價可以使全身轉錄組的非侵入性評估18有關影響幾個臨床用途。

循環的蛋白質

蛋白質組學分析腫瘤患者的評估在多樣化的臨床用途與次優結果方麵,鑒於循環的具有挑戰性的描述蛋白質。評估改變protein-mediated信號網絡的極大的興趣可能影響癌症的早期診斷和監控,除了檢測潛在的可操作的目標治療目的。11

樣品收集

外圍血液和尿液收集、處理和存儲

研究護士,一名調查員和兩個生物學家正在合作項目的頭18個月收集在t0和t1兩PAXgene血液ccfDNA管CE-IVD (PreAnalityX GmbH),一個BD真空采血管K2E (EDTA) +血液收集管CE-IVD (BD生命科學),一個顳部TM血液RNA管(應用生物係統公司)和一個尿液標本在無菌容器中。血液樣本處理來提取和存儲cfDNA從等離子體,並收集蛋白質,液,外周血單核細胞(PBMC)和總RNA。PAXgene管第一離心機1900 rcf室溫15分鍾(RT),然後收集到的等離子體進一步離心10分鍾1900 rcf在RT, EDTA管離心機15分鍾在1600 rcf RT和等離子體進一步收集離心機在沿等離子體1900 rcf 10分鍾然後在cryovials整除。顳部管總RNA提取立即存放在−80°C。集合的時候,尿尿與遊離DNA混合保護(特)為了穩定cfDNA樣品7天在一個溫度範圍從6°C到37°C。尿液是離心機在2680 rcf 10分鍾,上層的整除為15毫升管和儲存在−直到cfDNA提取80°C。樣品存儲在一個專用的−80°C,埃普多夫CryoCube F740hi ULT冰箱,三個隔間。

所有試管,從血液收集存儲、編碼增加可跟蹤性和匿名性外部人員。

資源

150米2設備齊全的實驗室支持關鍵的工作為我們的項目收集的樣本。所有程序的血小板和血漿分離處理,cfDNA和RNA提取、質量控製、放大,圖書館準備和測序在單獨發生,清潔環境優化等任務。每一個操作,從樣品處理、核酸提取和測序,半自動為了最小化問詢汙染,確保最佳的再現性和操作的一致性。專用的冰箱可以在實驗室樣品存儲。實驗室配有ThermoFisher科學離子S5 XL音序器。數據收集和dry-lab部分的分析在戒備森嚴的高性能工作站維護,執行專門的環境,以避免數據丟失的風險,cyber-theft合理的數據。

分析和整合傳播與radiomics生物標誌物

超靈敏的門店在ctDNA

我們設計了一個tagged-amplicon揮動麵板覆蓋101短地區頻繁突變基因在公元前。對於這個任務,我們分析了數據集V.3.0精靈,19其中包括公元前3269測序小學和轉移。之所以選擇這個數據集的大小和均勻性。因為我們的目的是觀察最常見,重疊(即互斥)突變,精靈的樣本量是視為適當的麵板設計。在公元前最常見的癌症基因中,很少有像致癌基因(即在有限區域的基因突變頻繁,比如PIK3CA),而一些像腫瘤抑製(ie,罕見突變發生在整個基因,如背景)。除以所有的基因測序精靈到9603個地區少於50個堿基對,我們意識到檢測至少一個突變,我們需要序列隻有101個地區覆蓋80%的整個數據集精靈,但420個地區增加這樣的檢出率為88%。特別是,擴增子覆蓋TP53(30其實地區),是攜帶者(50其實地區),GATA3(13其實地區),和PIK3CA (7 exoic地區)將通過最小化優化覆蓋我們的麵板的大小。TP53計劃分析,加上背景,對所有外顯子。另一方麵,PIK3CA禮物主要熱點突變的外顯子9和20。因此,隻有這兩個外顯子是本設計。101年等離子ctDNA選定的區域將被評估使用自定義設計,利用小說,專有tagged-amplicon OncoMine cfDNA ThermoFisher科學方法論。 Its use allows for a limit of detection of 0.1% at 20 000× sequencing coverage with 20 ng of circulating DNA, well attainable with two peripheral blood samples collected in PAXgene tubes. ThermoFisher defines ctDNA positivity as the detection of three molecular families. However, this threshold is arbitrary and will be adapted depending on the actual class the samples fall in, in order to optimise the accuracy of the multiomic HDI. cfDNA extraction is performed by using the QIAamp Mini Elute cfDNA Mini or Midi Kit (Qiagen, Hilden, Germany) on the Qiacube system, according to the Manufacturer’s instructions. cfDNA is extracted from at least 4 mL of plasma collected in the EDTA tubes and 2 mL of plasma collected in the PAXgene tubes, managing to obtain the requested amount of cfDNA for cfMeDIP-seq (~5 ng) and the assessment of ctDNA mutations (~15 ng). cfDNA is processed on an Ion Chef fluidic handler, and sequenced using the tagged-amplicon methodology with our custom-design panel on a Ion S5 sequencer. Tertiary analysis will be performed on a dedicated Ion Server System available in our laboratory. The library size of our custom panel is half of the commercial ThermoFisher Scientific Ion Torrent OncoMine Comprehensive cfDNA panel, from which the aforementioned performance considerations have been derived. Hence, the use of our custom-design panel appears feasible and should perform better in light of its smaller size and subsequent deeper attainable sequencing coverage.

Methylome cfDNA的剖析

近期作品指出令人鼓舞的結果的精度cfMeDIP-seq少量信息的檢測甲基化的變化(1 - 10 ng)等離子體cfDNA腎細胞癌的診斷和顱內腫瘤,20 21前者是有效的檢測也通過執行cfMeDIP-seq尿cfDNA。根據協議由沈予以闡明,cfMeDIP-seq包括四個步驟:(一)cfDNA修理結束,撤離和適配器結紮;(b) cfMeDNA免疫沉澱反應和濃縮利用抗體針對五methylcytosine;(c)圖書館準備;(d)高吞吐量揮動cfMeDNA Illumina公司平台數據。22這種方法基於免疫沉澱反應可以避免亞硫酸氫cfDNA治療,通常用於研究DNA甲基化,但與DNA降解率很高。

蛋白質組學分析

提出的任務是基於循環血漿蛋白的相對量化的小說,非常多路複用蛋白質組分析(SomaScan)。23日24SomaScan (SomaLogic)被認為是迄今為止最全麵的蛋白質陣列可用相對量化的蛋白質。超過7500的蛋白質可以從55µL同時評估等離子體。這種技術是一種新型的寡核苷酸適配子,這是單鏈DNA分子能夠結合蛋白質,稱為SOMAmers。除了對單個蛋白質,高親和力SOMAmers有獨特的40-nucleotide序列標記和熒光標簽,允許他們在高密度芯片的識別和量化。SOMAmers已經成功地聚集在一個商業產品允許的比較評價蛋白質數量的血清或血漿(或其他生物體液)低至55µL。SOMAscan試驗是一個高度多路複用、敏感、定量和可複製的蛋白質組生物標誌物的發現和發展的工具。SomaScan可以檢測蛋白質的範圍內10對數,允許一個無與倫比的敏感性檢測甚至femtomolar蛋白質濃度。分析SomaScan是由使用典型的DNA陣列數據分析和基於生物信息學基因陣列分析工具被開發出來。

Radiomics分析

初步radiomics分類器已被開發的診斷Senology Ospedale團隊親自到聖馬蒂諾,基於數字乳房tomosynthesis(印度生物技術部)連續的圖像參與者從震驚(兼職篩選與tomosynthesis或超聲波在Mammography-Negative致密乳房的女性,ClinicalTrials.gov標識符:NCT02066142)試驗。2Radiomics分析中所有印度生物技術部圖像進行手動選擇感興趣的區域(roi),包括所有的密集地區的乳腺癌和不含脂肪的部分。roi由一個專家,選擇定量圖像分析的知識。描述符的初步分類器選擇104年初步篩選之後radiomics特性來減少過度學習的風險,根據特性之前用於副乳腺實質模式與癌症風險。25目前項目中,圖像特征提取相同的情況下,匹配控製來說,門店執行和蛋白質組學分析,為醫學影像信息學使用一個開源的軟件平台和先進的深度學習方法。

人類發展指數分級機

ctDNA分析的敏感性和特異性,cfMeDNA測試,早期檢測的蛋白質組學分析,radiomics BC將評估。隨後這些分類器將數據處理和用於生成人類發展指數模型,基於集成學習的方法方法。整體學習結合多個個體分類器獲得的不同的預測技術,如隨機森林,支持向量機或一般線性模型為了提高概括能力,26避免過度擬合,增加了強度和最終結果的可靠性。27具體來說,結果從ctDNA cfMeDNA、蛋白質組學和radiomics測試將由使用weighted-majority投票方法結合在R中實現環境(脫字符號包)。最初我們不想像RNA-based分類器是包含在我們的multianalyte模型。

實驗驗證和分析

在完成這些實驗,我們將尋求驗證可能發現新穎的生物標誌物和促進轉移的臨床適用性。其他有前途的非侵入性生物標記研究,由於獨特的樣本集在我們處理。我們預見可能性執行exosome-enriched microrna的測序和PBMC使用Ampliseq轉錄組測序轉錄組離子S5 XL音序器的解決方案。最終,這樣的分析可能是集成到人類發展指數分級機增加BC早期診斷的準確性。

研究結果

本研究旨在評估多個分析物的性能,分別在人類發展指數分類器相結合,在公元前的早期檢測。主要結果是定義在公元前的組織病理學診斷早期侵入性特征按SIAPEC ASCO /上限標準,與輻射擴展≤2厘米(放射T1)和舞台I-IIA手術(T1N0或T2N0或T1N1a)。良性病變檢測的定義輻射損傷≤2厘米沒有侵入性腫瘤的存在第一次活檢和手術,如果執行。原位腫瘤都包含在後者。

臨床數據

電子病例報告形式(eCRF)設計注釋的病人的臨床資料。這些包括研究參與者的人口統計,生物參數如身高、體重和身體質量指數,假設酒精和煙,內分泌狀態信息(婦女和絕經後期,初潮的年齡,假設內分泌治療,懷孕的數量),熟悉BC和誘發突變,並發症的出現。項目包含在eCRF提供表1。腫瘤組織學和免疫組織化學特性將注釋。

表1

在招聘項目研究

數據安全性和機密性

病人的pseudo-anonymised放射圖像以及人口和anatomopathological數據收集根據當地倫理委員會指南使用專用,先進的防火牆數據收集係統,OpenClinica,熱那亞大學主辦的服務器。

統計分析

預計樣本大小

聖馬蒂諾醫院的診斷Senology單位是最高級別的轉診中心在意大利人口盆地超過2 000 000人。在一年內,大約15 000執行乳房x光成像(圖2)。其中,1500產生輻射涉嫌與隨後的惡性腫瘤活檢。假設拒絕50%的病人接受方案特殊采血,我們預計招收750名放射檢查患者懷疑小乳房病變。在這些病人中,我們假設入侵BC將確認在三分之一的診斷。公元前的250活組織檢查的診斷,主要接受手術,根據內部曆史記錄,40%的人認為是高於pT1 pT1和60%。假設另一個10%的失敗率樣本處理和存儲,我們將有可能收集圖像數據和樣本大約有90患者pT1 BC - 180放射性size-matched病變在一年(圖2)。病人招生預計在12個月的時間內從一開始的研究,而樣本收集t1預計結束大約6個月後的招生最後一個病人。

圖2

樣本大小圖。每年大約1500乳房活檢在診斷Senology執行單位的聖馬蒂諾醫院。750年預計數量的液體活檢,我們預見收集樣本和獲得乳房x線照片至少公元前49階段I-IIA患者和98名放射size-matched病變患者,以及與樣品和圖片從100名健康女性獲得連續兩個消極的乳房x光檢查。公元前,乳腺癌。

樣本大小的計算

我們分析所需的樣本大小是N = 147,公元前49 biopsy-proven階段I-IIA病例和98 biopsy-proven相似的輻射大小的良性病變。特別是,假設是最好的non-HDI分類器,最後,最高數量的測試變量(最壞的情況下,例如,轉錄組測序在血小板大約20 000轉錄分析),我們將需要28 29:

  • N = 87個樣本訓練集,在病理組織切片證實1:2比率BCs和良性病變為輻射大小匹配,標準化的褶皺變化為1.2,N ~ 20 000特性進行評估,從最好的分類器公差= 0.05,所定義的駑馬et al。29日

  • N = 26個樣本測試組(70/30分裂之間的樣本訓練和測試集)具有類似病例的比例和控製。

  • 一套驗證N = 34個樣本(訓練集和測試集的總和的30%)。

可以采用HDI分類,實際所需的樣本規模將小於計算。然而,目前我們沒有意識到的統計方法來獲得一個更穩健估計所需的數量另實驗我們采用。

修正案

原協議研究經曆了三個修正案,主要針對包括評估尿生物標誌物和擴大分析患者的隊列。

修改# 1:尿液樣本的收集和分析

這個協議第一修正案,2020年2月18日,包括收集和分析尿液樣本除了血液樣本,這並不包含在原始版本。公元前一個有效的早期診斷方法的基礎上,評估尿液標誌物將大幅消除整個過程的侵襲性,可能促進大規模篩查活動的執行。

修改# 2:健康控製

第二修正案,2021年2月4日,參與招聘和分析的100名健康的女性群體的負麵乳房x光檢查(BIRADS-1或BIRADS-0兼職-超聲波)作為健康對照組,除了接受乳房活檢的患者。良性乳腺病變的存在可能確定可能的血液和尿分析物的變化,特別是在原位腫瘤的情況下,目前的修正案的目的是可能歸類病人存在與否的良性乳腺病變,提高人類發展指數分類的準確性。

修改# 3:重新定義的隊列研究

第三個和最後一個修正案,2021年5月27日,涉及幾個點。根據原協議,關於與組織學診斷的患者群公元前入侵,隻有樣品收集在t0 T1N0腫瘤患者在手術進行了分析。此外,t1樣品的收集和分析將涉及隻有這一組的病人,區分腫瘤特異的獨家目的和寄主專一性的分子改變與公元前的存在/沒有。與目前的修正案,樣品收集在t0將從患者評估與分析階段I-IIA腫瘤手術(T1N0或T2N0或T1N1a),允許一個有效的擴大樣本容量,同時保持在公元前的早期階段。此外,t1樣品的收集和分析將包括所有病人診斷為公元前入侵和采樣t1,沒有限製的腫瘤手術階段評估。t1樣品的分析,再加上病人的縱向監測執行按照正常的臨床實踐,將允許評估的準確性multi-analyte公元前複發的預測評價,補充勘探現狀研究的目的。

研究現狀

的招聘階段的研究項目始於2021年1月18日。到目前為止(2021年10月21日),183名患者接受診斷性活檢被招募。其中,98年提出了一個良性病變,而51了惡性病變。34名患者被排除在外。公元前的招募患者組織學診斷,35乳房手術。其中,23個患者一個舞台I-IIA乳腺腫瘤。一百一十-乳房x光檢查患者招募作為健康對照組。其中,20名患者被排除在外。招聘階段的研究將在2022年3月結束。蛋白質組學,ctDNA和cfMeDIP-seq實驗將在第二年的研究項目。 The third year of the research project will be dedicated to assess the performance of the individual classifiers, including the one based on radiomics. During the fourth year we will proceed to the wet lab validation, besides performing the transcriptomic experiments. The fifth and final year of the research project will be dedicated to build and optimise the HDI classifier.

病人和公眾參與

沒有病人或公共參與本研究的設計。

道德和傳播

從每個參與者獲得書麵知情同意。參與者信息表包括的主要信息研究協議,已知的副作用外周血收集和隱含的風險在參與到研究中,在研究人員的聯係信息。所有數據都是鑒定和處方信息將顯示在分析。倫理委員會Regione利古裏亞c / o Ospedale親自到聖馬蒂諾已經批準了這項研究(參考號:2019/75,研究ID: 4452)。

病人的所有信息包含在本研究被嚴格的保密符合一般覆蓋歐盟數據保護監管(GDPR)和D.lgs 2016/679。30.06.2003 n。196年,D.lgs修改。10.08.2018,n。101。這項研究是按照國家法律和根據國際準則的傳導臨床試驗稱為“良好的臨床實踐”。

結果將發表在國際同行評議的科學期刊。

討論

循環的評估生物標誌物在醫學腫瘤學目前背負著幾個問題,包括其準確性不佳時應用於臨床的目的和缺乏標準化preanalytical循環分析物的評估和分析程序。克服這些限製將使微創的成就和個性化管理分析腫瘤患者,在診斷設置或複發的早期檢測和響應的預測治療,可能取代或實現當前協議基於放射學和傳統的組織切片。最有效的策略之一,開展提高液體活檢是當代的準確性評估多個分析物,這已經顯示了增強個人的評價相比,敏感性和特異性生物標誌物。30.這些實現可以發生在不同級別的複雜性,涉及不同的集成。一個基本的集成可以稱為相同的生物標記的組合,如dna dna或蛋白質的組合。另一方麵,一個先進的集成是指不同的分析物的綜合評估,如dna蛋白質,或循環生物標記的組合與輻射過程可能與radiomics精製。30.

本研究的目的是評估的性能的組合多個循環生物標誌物,原生質的或尿,radiomics BC早期診斷的病人招募從一個真實的臨床設置。招生,患者進行嚴格的選擇,以避免可能的混雜因素,可以影響腫瘤特異循環DNA的評估,cfMeDNA,循環RNA和蛋白質。隻有樣品收集的患者早期疾病(我和花絮)診斷將為這一目標進行了分析。這個選擇允許我們評估評估當前技術的有效潛在循環早期診斷的生物標誌物在世界範圍內最常見的癌症。相反,沒有限製基於腫瘤階段循環手術後收集的生物標記物的分析,這是旨在公元前複發的預測。

這項研究並不是用於原位BCs的檢測,被認為是良性病變,將被納入對照組。這確實代表了這個協議的主要限製,考慮到原位的典型的過渡BC侵襲性癌症的早期發現和根除的必要性。

然而,上述協議提出了相關優勢相比其他研究針對同一目的,包括最近和尖端技術的應用選擇但現實的患者群,可能帶來有效的進步在公元前的當前標準病人管理,除了指導未來研究轉化醫學應用於腫瘤學的全景。

倫理語句

病人同意出版

引用

腳注

  • 在低頻和廣州聯合高級作者。

  • 在低頻和廣州同樣起到了推波助瀾的作用。

  • 貢獻者廣州構思。FR寫的手稿。GC和醫學提供了一種方法和分析部分的重大貢獻。毫克,VGV PF, DF, MC, AB,草案和低頻批判性回顧了手稿。

  • 資金這個試驗是完全支持的基金會現/ la Ricerca南Cancro,研究員格蘭特ID 21761年到廣州。

  • 相互競爭的利益沒有宣布。

  • 病人和公眾參與病人和/或公眾沒有參與設計,或行為,或報告,或傳播本研究計劃。

  • 出處和同行評議不是委托;外部同行評議。