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介紹被忽視的熱帶疾病往往集中在相同的貧困人口和取得進展的控製,他們將不得不以一個集成的方式處理。多肽微陣列可能解決這些問題,在診斷合並感染可以同時檢測使用一個工具。使用分層模型將薈萃分析,來評估診斷準確性的多肽微陣列檢測血吸蟲病(曼氏裂體吸蟲和埃及血吸蟲),土壤傳播寄生蟲(鞭蟲trichiura,蛔蟲和Necator也)、沙眼(沙眼衣原體)、淋巴絲蟲病(班氏絲蟲)和盤尾絲蟲病(盤尾屬腸扭結在人們居住在撒哈拉以南非洲地區)。
和分析方法全麵搜索下麵的數據庫將被執行:Cochrane傳染病組專門登記,PubMed、EMBASE和科學的網絡。研究比較多肽微陣列和參考標準係列從一個隨機的或連續的病人將被納入研究。兩個獨立審查作者將屏幕標題和摘要相關性、評估全文包含並使用定製的數據進行數據提取提取形式。診斷精度的質量評估研究了工具將被用來評估選擇研究的質量。二元模型和層次總結接受者操作特征曲線模型將評估的診斷準確性進行多肽微陣列。多元回歸分析在研究將調查進行異質性。
道德和傳播沒有要求倫理批準,因為工作將使用先前公布的數據,沒有人類參與。結果將傳播通過同行評議的出版物和會議報告。
普洛斯彼羅注冊號CRD42020175145。
- 診斷微生物學
- 熱帶醫學
- 統計數據和研究方法
- 傳染病&出沒的。
- 協議和指南
- 生物化學
這是一個開放的分布式依照創作共用署名4.0條Unported (4.0) CC許可,允許他人複製、分配、混音、轉換和發展這項工作為任何目的,提供了最初的工作是正確地引用,執照的鏈接,並表明是否變化。看到的:https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/。
來自Altmetric.com的統計
本研究的優點和局限性
這個係統回顧協議遵循係統回顧和薈萃分析的首選報告項目協議指南。
這個係統和薈萃分析審查將會是第一個探索多肽微陣列的診斷測試準確性。
評審中所描述的方法可以適用於任何診斷測試係統的準確性和分析評論。
有潛在的質量差診斷報告的測試精度的研究。
不包括文章不發表在英語可能導致發表偏倚。
介紹
被忽略的疾病)的一組衰弱傳染病影響全球超過16億人,其中40%生活在非洲大陸。1值得注意的是,被忽略的影響世界最貧窮,最被邊緣化和偏遠社區,在那裏獲得幹淨的水,衛生設施和醫療保健是有限的。對社區的影響被忽略的是毀滅性的;他們引起嚴重的疼痛、殘疾、畸形、營養不良、發育不良、認知障礙、社會隔離和羞辱。這些疾病可能是致命的,事實上貧血引起的一些被忽略的對孕產婦死亡率有直接影響。重要的是,“NTDs產生顛覆性的影響”的生產力已經不穩定的經濟體。他們讓孩子遠離學校和成人的工作,因此誘捕貧困社區在無盡的循環貧困。1 - 3
據估計,撒哈拉以南非洲地區占全球被忽視的熱帶病比例如下:大約25% -33%的土壤傳播寄生蟲感染(某事),超過33%的淋巴絲蟲病感染、沙眼感染的50%,世界上大部分的血吸蟲病的情況下,非洲人類錐蟲病,loiasis和盤尾絲蟲病,世界上所有的麥地那龍線蟲病和非洲人類錐蟲病的病例。4個5不同的“NTDs可以發生在相同的貧窮人群”6(見圖1)。在撒哈拉以南非洲的大部分地區,它常常可以發現5個或5個以上被忽略的——在一個三個主要土壤傳播寄生蟲感染、血吸蟲病、淋巴絲蟲病、盤尾絲蟲病和沙眼。7津巴布韋,一個國家在非洲南部,是特有的四個最常見的被忽略,淋巴絲蟲病、血吸蟲病、某事和沙眼。8 - 10
六個最常見的被忽視的熱帶病全球重疊(被忽略)。44
缺乏快速、準確、簡單易用、快速測試的許多被忽視的熱帶病是一個重要的特性的普遍忽視和under-appreciation的疾病負擔。
診斷中扮演著關鍵角色在傳染病的監測和檢測包括被忽略。11然而,被忽略的保持主要確診,寄生蟲感染的可靠識別需要深入培訓樣品製備,為隨後的顯微鏡檢查和專業知識在大多數農村診所和偏遠地區不可用。12日13被忽略的診斷主要基於成熟的和廣泛使用的實驗室技術,如血液的檢查、糞便和尿液樣本在顯微鏡下。12血吸蟲病診斷是通過糞便或尿液中寄生蟲卵的微觀檢測尿液標本使用Kato-Katz和過濾技術,分別。14標準的診斷方法某物的存在是由顯微鏡下識別某事雞蛋在糞便樣本中使用Kato-Katz技術或正式的醚濃度的技術。15感染診斷淋巴絲蟲病活躍的標準方法是識別的微絲蚴血塗片顯微鏡。16沙眼結膜的診斷依賴於使用的臨床體征檢查trachomatous炎症由訓練有素的眼科專家。聚合酶鏈反應的沙眼診斷化驗技術複雜,太貴了。17微絲蚴顯微鏡檢查皮膚活檢(剪)是黃金標準測試盤尾絲蟲病的診斷。活檢執行使用sclerocorneal活檢穿孔或通過提升皮膚的小錐針,用手術刀切獲得不流血的皮膚。18 19
而顯微鏡的寄生蟲被認為是非常具體的,它的靈敏度取決於感染的強度和時間的樣本集合。血吸蟲病雞蛋往往是通過以不規則的間隔和少量可能不能被檢測到。20.某事雞蛋可能很難找到感染,15因此濃度通常推薦的診斷技術。導致血液中淋巴絲蟲病傳播的微絲蚴在晚上,晚上應該做血液采集與寄生蟲的外觀一致。16沙眼、結膜炎症可能會持續在沒有檢測到細菌,根據臨床檢查決策的一個重要限製。17此外,在Loiasis流行地區,診斷的特異性皮膚剪盤尾絲蟲病是有限的。執行PCR皮膚剪可以增加敏感性和特異性;然而,PCR測試不是商用。18日21
血清學測試提供一個替代的微觀檢測診斷schistosomiaisis寄生蟲,某事、沙眼、淋巴絲蟲病和盤尾絲蟲病。和/或抗原的抗體的血液樣本中發現的跡象裂體吸蟲屬感染。22活躍的絲蟲的感染患者通常有高濃度的anti-filarial IgG4血液中,這些可以使用血清學檢測化驗。16一種基於檢測試紙免疫測定對診斷沙眼衣原體脂多糖的開發。17血清學測試也可能是有用的在展示接觸感染,需要徹底檢查,治療和隨訪在人生活在傳播緩慢的地區。22
恩格斯和Savioli6推薦的診斷被忽略的集體作為一個群體,他們傾向於集中在相同的貧困人口和控製取得進展,他們需要以一個集成的方式處理。多肽微陣列可能解決這些問題,在被忽視的熱帶病病毒可以診斷同時使用一個示例和工具。
多肽微陣列(短肽病原體的集合固定在固體平麵支持)是大規模篩查係統同時識別多個病原體從少量的血清或血漿和其他體液。23多肽微陣列的原理是利用抗體測試,可以確定一個人是否感染或感染。抗體蛋白質相互作用中發揮關鍵作用的體液免疫應答。B細胞分泌抗體,抗原結合。認可的抗原抗體的特定部分被稱為b細胞抗原表位。這些抗原表位可能短線性肽(連續),對應於相鄰氨基酸殘基的表麵抗原,或構象(不連續),在這種情況下,殘留在一級結構並不是連續的,但在近距離內折疊蛋白質的三維結構。24日25日
消除被忽視的熱帶病的擴大特殊項目(ESPEN)致力於減少負擔的五個目標被忽略,血吸蟲病,某事,沙眼,低頻和盤尾絲蟲病,估計有6億人在非洲麵臨風險。3在此背景下,審核的目的是評估的診斷準確性的多肽微陣列檢測血吸蟲病(曼氏裂體吸蟲,埃及血吸蟲),某事(鞭蟲trichiura,蛔蟲和Necator也)、淋巴絲蟲病(班氏絲蟲)、沙眼(沙眼衣原體)和盤尾絲蟲病(盤尾屬腸扭結在人們生活在流行地區)。診斷準確性將取決於每個測試的敏感性和特異性。
方法
我們的方法為研究基礎,對Cochrane手冊提出的指導方針的診斷準確性和係統評價相關文獻。代謝途徑這項研究還將使用首選項報告係統回顧和薈萃分析(棱鏡)莫赫發布的指導方針等搜索和選擇要包含在係統回顧研究。29日棱鏡清單(1)在線補充文件將用來確保包含相關信息的分析和質量保證評估將被用作文學選擇的基礎。
搜索策略
搜索其他資源
我們將搜索程序和相關會議的摘要。我們將搜索所有相關的參考書目中主要研究其他相關出版物列入研究。我們還將使用PubMed搜索相關文章“類似的文章”功能。PEPperPRINT海德堡德國和其他公司參與生產多肽微陣列將從他們的合作者聯係以獲取額外的未發表的文獻。
考慮為本文研究的標準
類型的研究
研究評價診斷試驗的準確性多肽微陣列在一係列連續的病人,或一係列隨機選擇的病人,將合格的。這份報告並沒有顯式地聲明,取樣是連續的,但連續采樣判斷最可能的,這項研究將包括在內。研究將被排除在外,如果他們不提供足夠的數據讓我們(1)提取或計算的絕對數字真陽性,假陽性、假陰性和真正的底片,(2)他們提供足夠的信息來計算敏感性和特異性。研究也將被排除在外,如果他們沒有可用英文或如果他們足夠的信息來充分評估其資格。評論文章、回顧性的研究設計,調查人員收集樣本參考測試的執行後,會議和案例報告摘要,全文不可用將被排除在研究之外。
參與者
研究招聘個人從撒哈拉以南的非洲將包括在這項研究中。研究將排除如果參與者治療目標條件和測試來評估治療結果執行。與更廣泛的入選標準,但研究結果分層子組,我們將包括數據有關我們的入選標準。
指數測試
研究評估所有多肽微陣列的診斷工具,用於檢測目標並行條件(多路診斷),或單獨將被納入研究。此外,全身蛋白質研究專門用於微陣列分析也將被納入研究
比較器測試
研究將包括無論他們與其他微陣列或血清學測試比較。
目標的條件下
研究旨在檢測血吸蟲病(s . mansoni,埃及血吸蟲),某事(鞭蟲trichiura,蛔蟲和Necator也)、沙眼(沙眼衣原體)、淋巴絲蟲病(班氏絲蟲)和盤尾絲蟲病(盤尾屬腸扭結)同時或單獨將被包括在這個評論文章。
數據收集和分析
選擇的研究
兩位作者將獨立評估研究的標題被搜索,排除那些明顯無關的診斷目標條件使用多肽微陣列。一個失敗的資格準則將足以讓一項研究被排除在回顧研究。字母,顯然無關的評論文章,文章基於考試的抽象和其他筆記下剩下的資格將排除潛在的相關文章將判斷全文出版物。
數據提取和編碼(選擇)
坎貝爾等,30.使用標準報告的診斷準確性的研究(標準)的清單,開發了數據抽取工具,將在本文中使用。下麵的數據將被提取。
研究的作者、出版年和雜誌。
研究設計。
情況下定義。
研究不同年齡段、性別。
普遍存在的目標狀態。
參考標準(包括積極的測試標準)。
指數測試(截止值(預先確定或不)和測試是否一個商業的內部測試)。
地理位置的數據收集。
索引/參考時間間隔(治療狀態的參與者在研究或治療後)。
疾病嚴重程度的分布在那些有目標的條件
其他診斷在那些沒有目標的條件。
感染強度(蛋數在尿液和糞便顯微鏡)。
存在缺失或不可用的測試結果。
多的真陽性,真正的底片,假陽性和假陰性。
數據提取將由兩位作者獨立進行,以避免偏見。任何差異都將通過討論來解決。不能達成協議,第三作者將谘詢。在目前尚不清楚是否夾雜物的研究是合格的,它將被排除在外。
為每個索引的比較與參考測試,測試數據將被提取的數量真陽性,真正的底片,假陽性和假陰性的形式表2乘2。像所有研究診斷測試的精度,符合標準聲明,2乘2表將進一步被用來計算目標檢測的敏感性和特異性。兩個版本的一個參考標準或指標測試,例如,當地診所和專家標準顯微鏡或現場和實驗室測試,隻有一個最有可能產生最高質量的結果將包括在審查中。研究病例中隻有一個小組的參與者滿足審查入選標準,數據將被提取並隻對特定的子群。
質量研究(偏見的風險評估)
為了減少偏見,兩個評論者獨立評估每個研究的質量。在分歧的情況下,第三個審稿人將谘詢來解決分歧。使用最廣泛的工具檢查診斷測試精度QUADAS-2工具(診斷準確性研究了質量評估)將被用來評估質量的研究將包括在內。關鍵評價問題清單將會回答是的/沒有響應或將不清楚信息據報道允許判斷不足。30 31
統計分析
我們將分層所有目標條件和診斷測試的參考標準。為每一個研究在每個層中,我們將構建2乘2表真陽性,真正的底片,假陽性和假陰性。我們將構建森林情節顯示索引的敏感性和特異性測試從應急表假設和具體參考方法將100%敏感。隻有敏感性和特異性估計報告,我們將得到2乘2從報告數據表。我們將2乘2的數據輸入到審查經理(RevMan)軟件為Windows (Cochrane協作,哥本哈根,丹麥)。估計每個個體敏感性和特異性的研究報告將總結森林情節在95%置信區間和繪製使用總結接受者操作特征(SROC)的陰謀。
薈萃分析的情況下將三個或更多的研究可用於指數測試和目標狀態。研究還將提交給薈萃分析,滿足三個條件:樣本容量大於20;敏感性和特異性可用於索引;當對照組包括在分析中。分層/多級隨機模型,包括層次總結接受者操作特征(HSROC)模型和二元隨機影響模型,將用於我們的學習評價多肽微陣列的診斷準確性。這些模型允許within-study和之間的異質性。32二元模型模型敏感性和特異性直接在一個共同的閾值,和它的主要目標是獲得一個總結預測的敏感性和特異性。建議為純二進製測試相似或不同的研究報告閾值。到三十五HSROC包括一個隨機詞準確性和閾值之間的變化研究和非對稱底層ROC曲線。這個模型估計底層ROC曲線,描述了包括研究的敏感性和特異性相互權衡閾值不同。ROC曲線的位置取決於病變的分布的重疊程度和十幾有助於估計歧視性的測試水平。ROC曲線越接近圖的左上角,更好的測試區分病變和十幾。一般來說,HSROC模型推薦連續測試當包括研究報告將使用不同的閾值測試積極如果數據從測試有多個閾值。32 34
在本文中,我們將使用二元模型當數據從一個測試一個或一個共同的閾值進行總體分析。在場景之間的變化閾值,我們將進行薈萃分析通過使用HSROC模型來估計SROC曲線的敏感性和特異性。摘要敏感性和特異性和95%置信區間估計和HSROC將計算使用MetaDTA(交互式網絡工具進行和審問薈萃分析的診斷測試準確性的研究)。36
調查的異質性
我們將視覺檢查森林地塊之間的異質性和總結民國情節調查一些具體估計的敏感性和特異性。當五個或更多的研究,我們將進行多元回歸分析,探索研究之間的異質性。我們將探討異質性通過添加協變量(包括年齡、性別、感染強度和國家)的二元模型,允許單獨計算的敏感性和特異性和協變量的影響每一個彙總結果的敏感性和特異性。多元回歸分析將在OpenMeta-Analyst進行Windows 10(開源、跨平台的高級薈萃分析)。
病人和公眾參與
不會有病人或公眾參與進行審查的這篇文章,因為它將基於先前公布的數據。道德和傳播
討論
血清學檢測常用的登革熱感染等傳染病的診斷是相對便宜和容易執行與生化測試相比,文化或核酸的方法。39在糞便標本中不可用的情況下,血清學診斷某事和有作用美國曼。13然而,對於人類蠕蟲感染的血清診斷,許多測試在使用依賴本地抗原,從整個病原體保存在實驗室動物中提取或體外培養獲得代謝抗原。這些天然抗原是有限的可用性和遭受批次變異,和他們的生產是費力。重組抗原用於血清學測試需要高度淨化,避免由於汙染物從表達係統大。40與本地抗原和抗原重組相關的限製,例如非特定的綁定和大血清學診斷各種疾病,可以解決標準化和高度純合成肽的使用。40研究利什曼病,恰加斯病、血吸蟲病、paracoccidioidomycosis,肺結核,最近,在隱球菌病,其中,表明這種方法有潛在疾病的早期診斷,從而減少個人morbi-lethality受到這些感染並最終改變他們的預後的影響。41 42
提高診斷測試性能,是理想的識別非常具體和高活性病原體的抗原表位從蛋白質組問題,綜合產生相應的抗原肽。合成肽對於診斷應用程序是有利的,因為他們是定義良好的,容易在大量生產,高度純和經常節約成本與生產天然抗原在動物模型或體外文化。40
還根據傳染病的事實,許多情況下仍然低於實際情況或被誤診,多肽微陣列分析開辟了新的視角使用抗體作為疾病監測和診斷的生物標誌物提供了獨特的訪問更多的差異化血清學診斷。43因此,在目前的研究中,我們將進行係統回顧的多肽微陣列,關注最新的應用程序被忽略的血清學診斷和監測。
倫理語句
確認
作者要感謝教授的有價值的輸入堡Mutapi。
引用
腳注
貢獻者AV和TM的構思和設計研究協議。AV,嗯,TM-J可將進行一個全麵的文獻檢索,文獻屏幕和提取數據。AV會寫評審論文。TN、SR和TM將提供指導。所有的作者都閱讀和批準的最終版本的手稿。所有作者都閱讀和批準該協議。
資金這項研究是由國家衛生研究所(NIHR)全球衛生研究項目(16/136/33)使用英國來自英國政府的援助。這份出版物由格蘭特也支持從美國國際開發署(USAID)和英國援助的英國人(英國援助)通過運籌學的聯盟被忽視的熱帶疾病(COR-NTD)和由非洲被忽視的熱帶病研究網絡(ARNTD)。格蘭特SGPIII / 0210/238。
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相互競爭的利益沒有宣布。
病人和公眾參與病人和/或公眾沒有參與設計,或行為,或報告,或傳播本研究計劃。
出處和同行評議不是委托;外部同行評議。