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遺傳學和基因組學
協議
全基因組關聯研究自殺的墨西哥人口:一項研究協議
  1. 塞爾瑪Beatriz Gonzalez-Castro1,
  2. 阿爾瑪迪莉婭Genis-Mendoza2,
  3. 卡洛斯·阿方索Tovilla-Zarate3,
  4. 何塞Jaime Martinez-Magana2,4,
  5. 以斯帖Isela Juarez-Rojop4,
  6. 伊曼紐爾Sarmiento5,
  7. 溫貝托Nicolini2
  1. 1部門Academica Multidisciplinaria de Jalpa·德·門德斯,大學自治華雷斯德塔巴斯科辣醬油,Jalpa·德·門德斯、墨西哥
  2. 2Laboratorio de Genomica de心血管Psiquiatrica y Neurodegenerativas,西班牙藥物Genomica,墨西哥、墨西哥
  3. 3部門Academica Multidisciplinaria de Comalcalco,大學自治華雷斯德塔巴斯科部門Multidisciplinaria de Comalcalco,Comalcalco、墨西哥
  4. 4Academica de Ciencias de la祝您健康,大學自治華雷斯德塔巴斯科辣醬油,Villahermosa、墨西哥
  5. 5Urgencias y Pre-consulta,醫院Psiquiatrico Infantil胡安·n·納瓦羅博士,墨西哥之城、墨西哥
  1. 對應到Humberto Nicolini博士;hnicolini在{}inmegen.gob.mx

文摘

介紹自殺是一個複雜的行為和一個主要衛生問題;特定的特性,可以使自殺行為都進行了廣泛的調查,歐洲和亞洲人群的最頻繁。因此,我們的目標是提供一個協議,將探索自殺墨西哥人診斷為精神疾病,通過全基因組關聯研究(GWAS)。

和分析方法我們將執行一個GWAS通過比較700人自殺曆史,與對照組沒有自殺曆史(n = 500)。基因分型將使用英飛納姆PsychArray BeadChip和質量控製將被應用到單核苷酸(snp)基因分型。之後,我們將執行歸罪使用參考麵板提供的單體型參考財團。我們將執行兩種不同的工作流:經典的GWAS分析應用同樣重量的所有變體和(B)一個算法預測deleteriousness的變體。

道德和傳播本研究經倫理和國家基因組醫學研究所的調查委員會2015年7月22日,沒有CEI 215/13。我們計劃在科學傳播研究成果發布會,手稿在同行評議的期刊。

試驗注冊號碼CEI 215/13。

  • 自殺和自殘
  • beplay体育相关新闻
  • 精神分裂症和精神障礙
  • 遺傳學

這是一個開放的分布式條依照創作共用署名非商業性(4.0 CC通過數控)許可證,允許別人分發,混音,適應,建立這個工作非商業化,和許可他們的衍生產品在不同的協議,提供了最初的工作是正確地引用,給出合適的信用,任何更改表示,非商業使用。看到的:http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/。

http://dx.doi.org/10.1136/bmjopen - 2018 - 025335

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    本研究的優點和局限性

    • 這將是第一個研究,旨在執行全基因組關聯研究在墨西哥人口評估自殺。

    • 方法論的分析將研究假設有基因在墨西哥人口增加自殺的風險。

    • 從三個臨床中心招募參與者在這個國家將更多的墨西哥人口的代表性樣本。

    • 識別與自殺相關的遺傳變異將提高我們對生物學基礎的理解這種疾病,可能會是有用的為未來的微陣列設計研究拉丁美洲人。

    • 隨著墨西哥人口有一個異構的遺傳背景,本研究將可能限製異質性可能幹涉的解釋結果。

    介紹

    自殺是全球死亡的主要原因之一。個人被診斷為精神疾病有較高的自殺與一般人群相比,強調一個狹窄的自殺和精神疾病之間的關係。在這方麵的證據,相當多數的自殺受害者有未確診的精神障礙的時候死亡。1 - 3此外,一些研究認為精神疾病是自殺的主要風險因素之一。不幸的是,到今天,這種關係的機製尚未完全放開。4個5

    自殺行為(某人)已經被定義為一個複雜的問題所導致的遺傳變異的結合以及個人經曆和環境的貢獻;總之,這些因素建立疾病的症狀表現。1 3 6研究的結果基於雙胞胎,收養家庭,支持某人的遺傳性,確定基因的影響。7 - 10隨後,許多候選基因關聯研究,研究不同表型的某人:企圖自殺,自殺意念和自殺來完成。1 3 6 11 12不幸的是,某人是一個多基因性狀候選基因關聯研究低估了遺傳背景。為了尋找這種多基因變異的某人,其他策略也已經被開發出來,如全基因組關聯研究(gwas)。6 13 14

    在過去的十年中,少量的gwas探索常見遺傳變異主要是在自殺未遂者已經發現重要的基因組件和某人之間的關聯,建立可能的分子途徑參與疾病的易感性。15日16雖然某人易感性的遺傳素質模型提出了gwas建議候選基因和通路,唯一可用的信息來自於研究分析白人或亞洲人群,留下拉丁美洲人口包括墨西哥人。17-21因此,更多的研究是必要的,有一個更好的理解某人的遺傳背景。

    目標

    我們的目標是先執行GWAS自殺未遂者的墨西哥人口,為了探索和定義遺傳素質的參與使某人在這個人口。此外,我們將探討的假設有基因和遺傳變異,增加自殺的風險在墨西哥人口和這些因素在患有精神病的診斷可能是普遍的。

    和分析方法

    樣本人口和設置

    病例組(n = 700)將由個人有至少一個企圖自殺,這將決定使用結構化臨床采訪精神Disorders-IV診斷和統計手冊(dsm - iv) (SCID-I和II)在精神科門診地區從三個臨床中心:博士。Gustavo a Rovirosa總醫院塔巴斯科州,博士。德裏奧·g·Carbajal地區塔巴斯科的醫院和醫生。胡安·n·納瓦羅的精神病院在墨西哥城。個人作為對照組(n = 500)不會有任何某人現在或過去的曆史,不會有一級親屬與某人無關的曆史和他們將這些組。這兩種情況下和控製將由兩個精神科醫生或臨床專家,采訪了他們一起將決定自殺的存在與否。所有個人將與墨西哥的墨西哥人崛起至少兩代人(墨西哥的父母和祖父母);他們將在墨西哥招募了來自幾個醫院和門診診所。

    病人和公眾參與

    本協議的結果將直接傳達給病人參與或其合法的看護者。討論的結果也會與他們的精神病學家和相應的臨床健康教育結構的中心。然而,病人沒有直接參與研究設計或任何方法程序。

    道德和傳播

    書麵知情同意將獲得所有人接受參與。這項研究將符合赫爾辛基宣言(第59屆大會,首爾,韓國,2008年10月)。這項研究已經批準的倫理和國家基因組醫學研究所的調查委員會(INMEGEN) 2015年7月22日,沒有CEI 215/13。我們計劃在科學傳播研究成果發布會,手稿在同行評議的期刊。

    臨床評估

    診斷和臨床評估將由至少兩個訓練有素的資深精神科醫生的至少其中之一會親自檢查病人。所有的參與者將進行半結構式訪談,包括一生和家族史的某人,等臨床特征。自殺企圖將被定義為一個有自傷行為,至少有部分的意圖來結束一個人的生活;嚐試的數量,方法和醫療損害的自殺企圖將聚集。

    基因分型

    DNA將從外周血白細胞分離樣品基因組向導的使用標準化的協議從Promega淨化設備,如前所報道。22 - 24遺傳物質的完整性將檢查在1%瓊脂糖凝膠,用分光光度計量化使用NanoDrop係統。

    基因分型將使用英飛納姆PsychArray BeadChip,遵循製造商的協議。25日26日這個數組包含約580 000個基因變異,其中包括一組遺傳變異之前與各種精神疾病有關。所有INMEGEN將進行基因型分析。質量控製,我們將會過濾掉樣品和變體叫率低於98%,變異偏離哈迪溫伯格平衡,χ2p值< 1×106。性別和諧將基於X和Y染色體雜合性。所有過濾過程將使用叮鈴聲V.1.9軟件。27然後,我們將執行多維標度(MDS)分析在叮鈴聲,所有單核苷酸(snp),通過質量控製將修剪,用來檢查人口分層為了評估個人的祖先。MDS分析後,前五個組件將作為協變量的關聯分析。MDS維度將圖形代表使用“MDS-plot”選項。質量控製程序後,我們將執行歸罪使用參考麵板提供的單體型引用財團r.1.1;我們將使用密歇根歸責服務器歸責。28 29

    多基因風險評分計算

    多基因風險評分(PRS)是一個測量的遺傳精神分裂症、責任基礎上的精神基因研究團(包括精神分裂症GWAS)。30.單核苷酸多態性將選擇和使用的PRS計算基於p值獲得原始熱解色譜使用PRSice GWAS。31日PRS將搜索進行自殺協會使用線性回歸模型調整年齡、性別和四個MDS組件。基於基因或者基於集合的關聯測試的評估使用GWAS總結數據將使用全基因組複雜特征進行分析(GCTA)。32 33

    統計分析

    為了評估在某人的遺傳變異的影響,我們將執行兩個工作流:(A)一個經典的GWAS分析應用相同的重要性的所有變體和(B)算法預測deleteriousness變體。關於第一個工作流,我們將進行一個混合線性模型分析估算變異與未成年人等位基因頻率為5%。線性混合模型的實現將使用GCTA軟件進行。34第二工作流程,我們將包括使用不同的預測算法預測譫妄的變種,如PolyPhen、篩選,結合注釋依賴損耗(CADD)變異影響預測)和(百科全書的DNA元素(編碼)。35-39功能影響變異預測後,我們將比較情況下的等位基因頻率的功能喪失,錯義與有害影響,變異出現在監管區域和變異PHRED-CADD得分高於20,群體的等位基因頻率在1000基因組和外顯子組聚合財團(ExAC)數據庫。GWAS史的分析將執行例自殺並與non-suicide未遂者。全基因組的意義將被設置在p < 5×108。

    動力分析計算

    全基因組關聯分析的,我們將執行權力的計算使用QUANTO V.1.2.4 (http://biostats.usc.edu/software)。這種分析使用log-additive模型的繼承和能夠檢測閾值5×10 0.82的意義8檢測的效果或P≥1.80於0.08的和次要的等位基因頻率0.25,之前的研究中觀察到。14P0我們將使用基線人口的自殺風險基於先前的報道。40 41因此,我們的研究將動力檢測基因的影響。

    討論

    各種不同的情況和環境已經被提議作為預測某人;其中,精神障礙的存在似乎是這種行為的一個重要因素。同樣,可能的遺傳傾向表現某人一直支持的幾個調查,但精確的遺傳係統的理解,導致這種脆弱性自殺傾向在很大程度上仍然是不完整的。因此,我們的協議研究的主要目的是探索潛在的遺傳影響某人在墨西哥的人口,在GWAS。此外,我們想強調的是,我們所知,本研究協議將第一個評價某人在精神分裂症和雙相情感障礙患者在墨西哥的人口。

    大部分的遺傳流行病學證據表明某人是一個複雜的問題,在有多個基因對某人有小的影響;但是如果結合,可能成為誘發因素。因此,協會的研究,發現小貢獻效應可以更有用,這是一種力量的協議。從這個意義上講,GWAS最強大的優點之一是,它使用許多遺傳標記在整個基因組搜索關聯與特定疾病;因為它是基於之前沒有假設,探討了大量的遺傳變異。由於這些原因,我們將使用GWAS的結果探討精神分裂症的遺傳影響某人沒有自殺,雙相患者沒有自殺,自殺未遂者和健康受試者的控製。因此,這項研究的結果將提供信息,以便更好地理解遺傳背景的影響在開發某人時,精神病人。

    此外,本研究的結果可以為未來提供有價值的信息研究人員試圖識別某人的遺傳風險因子,幫助檢測和/或治療這種疾病。如今,有微數組技術被用來研究一些基因變量在白種人和亞洲人群;我們最好的知識,但是,沒有證據的GWAS研究報道,某人在精神病人進行評估。因此,當前協議的結果可以提供重要的信息。使用這種類型的遺傳工具將使我們能夠識別相關的單核苷酸多態性,錯義和插入和indels在精神疾病,如精神分裂症和雙相情感障礙,以及它們可能參與在墨西哥的人口預測某人。

    總之,這些發現可能給重要的信息來改善未來的芯片的設計精神疾病分子診斷的墨西哥人,這將是非常有用的預防、診斷和預後的某人在墨西哥。此外,這些發現將會給一個更好的遺傳背景的角度作為一個預測某人的精神疾病。因此,結果將是有用的遺傳研究以及在墨西哥的預防和早期診斷的某人。

    確認

    協議的研究將TBG-C的博士論文。

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    腳注

    • TBG-C和ADG-M同樣起到了推波助瀾的作用。

    • 貢獻者ADG-M, HN JJM-M構思研究,參與其設計,幫助起草的手稿和指導TBG-C。CAT-Z, ADG-M JJM-M批判性連續修訂草案的手稿和提供重要的知識的輸入。CAT-Z TBG-C協調和監督的集成手稿。ES、IEJ-R HN, ADG-M導致發展分析提出了這項研究計劃。所有作者閱讀和批準最終的手稿。

    • 資金這個協議將收到的支持INMEGEN項目數量/我通過接下來的23/2015。

    • 相互競爭的利益沒有宣布。

    • 出處和同行評議不是委托;外部同行評議。

    • 病人同意出版獲得的。