審查
doi: 10.1111 / 1469 - 0691.12217。
Epub 2013年4月18日。
快速的細菌基因組測序:在臨床微生物學的方法和應用
從屬關係
- PMID:23601179
- DOI:10.1111 / 1469 - 0691.12217
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審查
快速的細菌基因組測序:在臨床微生物學的方法和應用
中國Microbiol感染。
2013年9月。
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文摘
最近的測序技術的進步給所有微生物學實驗室獲得全基因組測序。提供工具的自動化分析的序列數據和數據庫相關的元數據開發,全基因組測序將成為大型臨床微生物實驗室的常規工具。事實上,持續降低測序成本和縮短時間結果的策略非常有吸引力,在這兩個研究和診斷。在這裏,我們審查如何革新臨床微生物學和高通量測序的承諾仍然成立。我們將討論主要應用,其中包括:(i)的識別目標DNA序列和抗原快速開發診斷工具;(2)精確的應變識別在疫情流行病學打字和病原體監測;應變和(iii)調查屬性,如抗生素耐藥性和毒力因素的存在。此外,最近比較宏基因組和單細胞測序的發展提供更好的理解複雜的微生物群落的前景在全球和個人水平,為宿主-病原體相互作用的理解提供一個新的視角。作為一個高分辨率的工具,高通量測序將越來越多地影響診斷,流行病學、風險管理和病人護理。
關鍵詞:抗生素耐藥性;細菌基因組;診斷;高通量測序;毒力因子。
©2013年作者臨床微生物學和感染©2013年歐洲社會的臨床微生物學和傳染病。
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