不同來源的梭狀芽孢杆菌感染在全基因組測序發現
從屬關係
- PMID:24066741
- PMCID:PMC3868928
- DOI:10.1056 / NEJMoa1216064
項剪貼板
不同來源的梭狀芽孢杆菌感染在全基因組測序發現
N拉米夫地中海。
。
免費的PMC的文章
文摘
背景:它被認為感染梭狀芽胞杆菌傳播主要在衛生保健機構內。然而,流行傳播阻礙了精確的感染源的識別和幹預措施的有效性的評估。
方法:從2007年9月到2011年3月,我們對分離株進行了全基因組測序獲得所有的梭狀芽孢杆菌感染患者症狀識別在衛生保健機構或社區在牛津郡,聯合王國。我們比較單核苷酸變異(SNVs)之間的隔離,使用梭狀芽孢杆菌進化率估計的基礎上獲得的第一個和最後一個樣本的145名患者,用0到2 SNVs預期之間傳播分離獲得不到124天,的基礎上預測區間為95%。然後我們確定合理的基因之間的流行病學聯係相關病例住院和社區位置數據。
結果:進行評估的梭狀芽孢杆菌1250例,1223例(98%)被成功測序。957個樣本的比較從2008年4月到2011年3月獲得從2007年9月起,所得結果與333隔離(35%)從沒有超過2 SNVs至少1情況下,早些時候和428隔離(45%)超過10 SNVs從所有先前的案例。減少發生率在兩組相似,有研究表明影響從暴露於疾病幹預目標的轉變。的333名患者不超過2 SNVs(符合傳輸),126名患者(38%)有密切醫院接觸另一個病人,和120個病人(36%)沒有醫院或社區接觸另一個病人。不同亞型的感染仍然是確定在整個研究中,這意味著相當水庫的梭狀芽孢杆菌。
結論:在3年期間,45%的梭狀芽孢杆菌病例在牛津郡的基因不同於之前的所有情況。基因不同來源,除了有症狀的患者,在梭狀芽孢杆菌傳播扮演一個主要部分。(由英國臨床研究合作轉化感染研究倡議等。)。
數據
麵板顯示了數量的單核苷酸變異(SNVs)每個樣本期間獲得從4月1日,2008年,在2011年3月31日之前最密切相關的樣本獲得的9月1日之後,2007年。麵板B顯示了孤立的百分比分為基因相關,根據不同SNV閾值,以及流行病學相關分離株之間的聯係。
顯示從患者獲得的957年的故障隔離梭狀芽孢杆菌感染從4月1日,2008年,在2011年3月31日。患者共享一個序列類型和流行病學接觸案件自9月1日,2007年,麵板通過E所示:直接接觸病房(麵板),接觸一個共享程序的醫學專業(麵板B),程序的接觸沒有共享醫學專業(C),隻有ward-contamination接觸(D), ward-contamination和程序的聯係(麵板E)。沒有以前的案例或醫院患者接觸的相同的序列類型所示麵板f .相同類型的多個聯係人發生不同的可能的感染源,最低數量的SNVs顯示與該類型的關聯聯係。
隔離與以往任何超過10 SNVs樣本被定義為不同基因亞型和繪製於單獨的水平線,根據第一隔離在牛津郡的日期。隔離,從2007年9月到2008年3月獲得(磨合過程)隻包括作為以後的潛在來源梭狀芽孢杆菌感染,因為患者可以獲得梭狀芽孢杆菌從研究開始前的一個案例。(模型估算人口的多樣性提供了圖S5補充附錄。)
顯示的情況下梭狀芽孢杆菌感染,是遺傳學上截然不同的(> 10 SNVs)從所有先前的情況下(樣本的基礎上獲得了9月1日之後,2007)(麵板),基因相關的情況下(≤2 SNVs)(麵板B),和情況下基因相關,要麼有一個醫院的鏈接(C)或沒有醫院的鏈接(麵板D)。這項研究人口是600000人,所以每月的30例對應於每100000人口每月5例。藍線表示的基於模型的估計每年率比率。(有關細節的回歸模型用於分析和趨勢相關的基因情況下分組的存在與否ribotype 027提供了補充附錄。)
評論
-
——梭狀芽胞杆菌超出了通常的嫌疑人。鄭傳經地中海J。2013年9月26日,369 (13):1263 - 4。doi: 10.1056 / NEJMe1310454。 鄭傳經地中海J。2013。 PMID:24066748 沒有可用的抽象。
-
你的子類型是什麼?的流行病學效用細菌全基因組測序。中國化學。2014年4月;60 (4):586 - 8。doi: 10.1373 / clinchem.2013.217141。Epub 2014年1月7日。 中國化學》2014。 PMID:24398073 免費的PMC的文章。 沒有可用的抽象。
-
不同來源的梭狀芽孢杆菌感染。鄭傳經地中海J。2014年1月9日,370 (2):183 - 4。doi: 10.1056 / NEJMc1313601。 鄭傳經地中海J。2014。 PMID:24401066 沒有可用的抽象。
-
不同來源的梭狀芽孢杆菌感染。鄭傳經地中海J。2014年1月9日,370 (2):182。doi: 10.1056 / NEJMc1313601。 鄭傳經地中海J。2014。 PMID:24401067 沒有可用的抽象。
-
不同來源的梭狀芽孢杆菌感染。鄭傳經地中海J。2014年1月9日,370 (2):182 - 3。doi: 10.1056 / NEJMc1313601。 鄭傳經地中海J。2014。 PMID:24401068 沒有可用的抽象。
類似的文章
-
梭狀芽胞杆菌的流行病學在牛津郡的嬰兒,英國殖民的風險因素和馬車,基因重疊區域梭狀芽孢杆菌感染菌株。《公共科學圖書館•綜合》。2017年8月16日,12 (8):e0182307。doi: 10.1371 / journal.pone.0182307。eCollection 2017。 《公共科學圖書館•綜合》。2017。 PMID:28813461 免費的PMC的文章。
-
全基因組測序揭示了高院內傳播和抗菌素耐藥性的Clostridioides固執的在一個單一的中心在中國,四年的回顧性研究。Microbiol Spectr。2022年2月23日,10 (1):e0132221。doi: 10.1128 / spectrum.01322-21。Epub 2022年1月12日。 Microbiol Spectr》2022。 PMID:35019676 免費的PMC的文章。
-
Genome-Based跟蹤顯示動態傳輸和梭狀芽胞杆菌的感染疾病複發。感染說。2016年3月15日,62 (6):746 - 752。doi: 10.1093 / cid / civ1031。Epub 2015年12月18日。 2016年中國感染說。。 PMID:26683317 免費的PMC的文章。
-
和一個梭狀芽胞杆菌的健康。Microbiol感染。2020年7月,26 (7):857 - 863。doi: 10.1016 / j.cmi.2019.10.023。Epub 2019年11月1日。 Microbiol感染。2020。 PMID:31682985 審查。
-
梭狀芽胞杆菌的新見解傳輸infection-narrative審查。Microbiol感染。2018年5月,24 (5):483 - 492。doi: 10.1016 / j.cmi.2018.01.027。Epub 2018年2月7日。 Microbiol感染。2018。 PMID:29427800 審查。
引用的
-
抗菌素耐藥性基因流行病學和概要文件Clostridioides固執的從Multi-Hospitals在中國東部的一個城市。感染藥物抵抗。2023年5月30日;16:3379 - 3388。doi: 10.2147 / IDR.S407497。eCollection 2023。 感染藥物抵抗。2023。 PMID:37274358 免費的PMC的文章。
-
應用程序核心基因組序列的輸入(cgMLST)管道的監測Clostridioides固執的在中國。前細胞感染Microbiol。2023年3月13日;13:1109153。doi: 10.3389 / fcimb.2023.1109153。eCollection 2023。 2023年前細胞感染Microbiol。。 PMID:36992688 免費的PMC的文章。
-
基因組的流行病學和傳播動態的研究,反複Clostridioides固執的感染在澳大利亞西部。J Microbiol感染說。2023歐元可能;42 (5):607 - 619。doi: 10.1007 / s10096 - 023 - 04569 - x。Epub 2023 3月20。 J Microbiol感染說。2023歐元。 PMID:36940050 免費的PMC的文章。
-
流行病學的回顧性研究Clostridioides固執的精神外科感染的三級醫院在中國。感染藥物抵抗。2023年1月26日,16:545 - 554。doi: 10.2147 / IDR.S397544。eCollection 2023。 感染藥物抵抗。2023。 PMID:36726387 免費的PMC的文章。
-
臨床分離株之間的毒性和基因多樣性相約(BI /種Clostridioides固執的。bioRxiv。2023年1月12:2023.01.12.523823。doi: 10.1101 / 2023.01.12.523823。預印本。 bioRxiv。2023年。 PMID:36711955 免費的PMC的文章。
