跳到主頁內容gydF4y2Ba
美國國旗gydF4y2Ba

美國政府的官方網站gydF4y2Ba

點政府gydF4y2Ba

gov意味著它的官員。gydF4y2Ba
聯邦政府網站經常在gov或mil。共享敏感信息之前,確保你在一個聯邦政府網站。gydF4y2Ba

HttpsgydF4y2Ba

這個網站是安全的。gydF4y2Ba
的gydF4y2Bahttps://gydF4y2Ba確保你連接到官方網站,您提供的任何信息是加密和傳輸安全。gydF4y2Ba

訪問鍵gydF4y2Ba NCBI主頁gydF4y2Ba MyNCBI主頁gydF4y2Ba 主要內容gydF4y2Ba 主導航gydF4y2Ba
。gydF4y2Ba 2014年4月10日,10 (4):e1003537。gydF4y2Ba
doi: 10.1371 / journal.pcbi.1003537。gydF4y2Ba eCollection 2014年4月。gydF4y2Ba

野獸2:一個軟件平台進行貝葉斯進化分析gydF4y2Ba

Remco BouckaertgydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 約瑟夫·赫爾gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 丹尼斯KuhnertgydF4y2Ba2gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 蒂姆·沃恩gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 解溪吳gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 謝董gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 馬克一個SuchardgydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 安德魯·蘭姆伯特gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba 阿列克謝•J德拉蒙德gydF4y2Ba6gydF4y2Ba
從屬關係gydF4y2Ba
免費的PMC的文章gydF4y2Ba

野獸2:一個軟件平台進行貝葉斯進化分析gydF4y2Ba

Remco BouckaertgydF4y2Baet al。gydF4y2Ba 公共科學圖書館第一版雜誌gydF4y2Ba。gydF4y2Ba 。gydF4y2Ba
免費的PMC的文章gydF4y2Ba

文摘gydF4y2Ba

我們提出一個新的開源、可擴展和靈活的軟件平台為貝葉斯進化分析叫獸2。這個軟件平台是一個流行的野獸1平台的重新設計正確的結構性缺陷,成為明顯的野獸1軟件進化。關鍵在這些缺陷是缺乏部署後的可擴展性。野獸2現在有一個發育完全的包管理係統,允許第三方開發人員編寫額外的功能,可以直接安裝的野獸2分析平台通過一個軟件包管理器不需要的新軟件發布平台。這個包架構展示與一些最近出版的新車型包括birth-death-sampling樹先知先覺,phylodynamics和模型平均替代模型和站點分區。第二個主要改進是讀/寫的能力獲得的整個狀態鏈從磁盤/便於野獸的多個實例之間共享軟件。這有助於檢查點和更好地支持多處理器和高端計算擴展。最後,在新包的功能可以很容易地添加到用戶界麵(美麗女孩2)通過一個簡單的XML模板機製因為野獸2已經重新設計提供更大的整合分析引擎和用戶界麵,例如野獸和美麗女孩使用完全相同的XML文件格式。gydF4y2Ba

利益衝突聲明gydF4y2Ba

作者宣稱沒有利益衝突存在。gydF4y2Ba

數據gydF4y2Ba

圖1gydF4y2Ba
圖1所示。一個完整的模型與六個序列,HKY替代模型,嚴格的時鍾,聖誕樹之前,許多運營商,主要在樹上,和一些伐木者產生輸出到跟蹤文件,樹日誌和屏幕輸出。gydF4y2Ba
注意明確對象的存在狀態。gydF4y2Ba
圖2gydF4y2Ba
圖2。結果從一個SDPM2分區和替代模型平均分析mtDNA從7種靈長類動物(數據來自[22])。gydF4y2Ba
(a)替代模型的後驗概率分布給出一個網站。網格單元的行gydF4y2Ba我gydF4y2Ba和列gydF4y2BajgydF4y2Ba代表模型的後驗概率gydF4y2Ba我gydF4y2Ba在網站gydF4y2BajgydF4y2Ba。陰影的顏色越深,後驗概率越高。看來,這個數據支持模型,適應不同頻率轉換和顛換率和核苷酸基地。這三個模型的最簡單的版本(HKY85)通常是首選。(b)有四個生物分區數據集:三個密碼子的位置和一個tRNA地區。三率條件類別(後驗概率最高),網站在每個類別的平均比例後每個生物分區是策劃。的類別和更快的利率接近頂部工具欄。gydF4y2Ba
圖3gydF4y2Ba
圖3。貝葉斯估計的有效的繁殖數量gydF4y2BaRgydF4y2BaegydF4y2Ba隨著時間的推移,(從模擬數據)。gydF4y2Ba
在年底前3.5年潛在的流行過程,gydF4y2BaRgydF4y2BaegydF4y2Ba減少小於1,表明疫情下降。gydF4y2Ba
圖4gydF4y2Ba
圖4。結果從一個結構化的聯合分析spatially-annotated丙肝病毒使用MultiTypeTree包數據集。gydF4y2Ba
這些包括(a)一個典型的樹從後(邊緣顏色代表家族的位置),(b)的後驗分布gydF4y2BaθgydF4y2Ba=gydF4y2BaNgydF4y2BaegydF4y2BaggydF4y2Ba為每個spatially-localized亞類和(c)分子鍾的後驗分布率gydF4y2BaμgydF4y2Ba 0gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
看到這張圖片在PMC和版權信息gydF4y2Ba

類似的文章gydF4y2Ba

  • 1.7貝葉斯係統發生學和美麗女孩與野獸。gydF4y2Ba
    馬德拉蒙德AJ, Suchard,謝D,蘭姆伯特。gydF4y2Ba 德拉蒙德AJ, et al。gydF4y2Ba 另一個星球雜誌。2012年8月,29 (8):1969 - 73。doi: 10.1093 / molbev / mss075。Epub 2012年2月25日。gydF4y2Ba 另一個星球雜誌》2012。gydF4y2Ba PMID:gydF4y2Ba22367748gydF4y2Ba 免費的PMC的文章。gydF4y2Ba
  • 野獸:貝葉斯進化分析抽樣樹。gydF4y2Ba
    德拉蒙德AJ,蘭姆伯特。gydF4y2Ba 德拉蒙德AJ, et al。gydF4y2Ba BMC另一個星球雜誌。2007年11月8日,7:214。doi: 10.1186 / 1471-2148-7-214。gydF4y2Ba BMC另一個星球雜誌》2007。gydF4y2Ba PMID:gydF4y2Ba17996036gydF4y2Ba 免費的PMC的文章。gydF4y2Ba
  • BEASTling:語言係統發生學的軟件工具使用獸2。gydF4y2Ba
    Maurits L, Forkel R,開平GA,阿特金森QD。gydF4y2Ba Maurits L,等。gydF4y2Ba 《公共科學圖書館•綜合》。2017年8月10日,12 (8):e0180908。doi: 10.1371 / journal.pone.0180908。eCollection 2017。gydF4y2Ba 《公共科學圖書館•綜合》。2017。gydF4y2Ba PMID:gydF4y2Ba28796784gydF4y2Ba 免費的PMC的文章。gydF4y2Ba
  • πBUSS:一個平行的野獸/小獵犬效用序列模擬複雜的進化的場景下。gydF4y2Ba
    Bielejec F, Lemey P,卡瓦略LM, Baele G,蘭姆伯特,Suchard馬。gydF4y2Ba Bielejec F, et al。gydF4y2Ba BMC生物信息學。2014年5月7日,15:133。doi: 10.1186 / 1471-2105-15-133。gydF4y2Ba BMC生物信息學》2014。gydF4y2Ba PMID:gydF4y2Ba24885610gydF4y2Ba 免費的PMC的文章。gydF4y2Ba
  • 貝葉斯係統並使用野獸1.10 phylodynamic數據集成。gydF4y2Ba
    馬Suchard Lemey P Baele G, Ayres DL,德拉蒙德AJ,蘭姆伯特。gydF4y2Ba Suchard媽,等。gydF4y2Ba 病毒的另一個星球。2018年6月8日;4 (1):vey016。doi: 10.1093 / / vey016。eCollection 2018年1月。gydF4y2Ba 2018年病毒的另一個星球。。gydF4y2Ba PMID:gydF4y2Ba29942656gydF4y2Ba 免費的PMC的文章。gydF4y2Ba
看到所有類似的文章gydF4y2Ba

引用的gydF4y2Ba

看到所有“引用”的文章gydF4y2Ba

引用gydF4y2Ba

    1. 德拉蒙德AJ,蘭姆伯特(2007)野獸:貝葉斯進化分析抽樣樹。BMC另一個星球雜誌7:214。- - - - - -gydF4y2BaPMCgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba
    1. 馬德拉蒙德AJ, Suchard,謝D,蘭姆伯特(2012)貝葉斯係統發生學和美麗女孩1.7與野獸。另一個星球雜誌29:1969 - 73。- - - - - -gydF4y2BaPMCgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba
    1. 德拉蒙德AJ, Ho SYW菲利普斯MJ,蘭姆伯特(2006)放鬆係統發生學和約會有信心。公共科學圖書館雜誌4:e88。- - - - - -gydF4y2BaPMCgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba
    1. 德拉蒙德AJ,蘭姆伯特,夏皮羅B, Pybus OG(2005)貝葉斯聯合推斷過去的種群動態從分子序列。另一個星球雜誌22:1185 - 92。- - - - - -gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba
    1. Minin V, Bloomquist E, Suchard M(2008)通過一個粗略的輪廓平滑空中腳踏車:貝葉斯coalescent-based種群動態的推理。分子生物學與進化25:1459 - 1471。- - - - - -gydF4y2BaPMCgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba

發布類型gydF4y2Ba

網格計算gydF4y2Ba

Baidu
map